Vom Prinzip her sind nur organische Stoffe durch mikrobiologische Verfahren abbaubar. Schwermetalle bleiben also unverändert im Boden. Bei den organischen Stoffen unterscheidet man drei Gruppen, die sich in ihrem Abbauverhalten wie folgt unterscheiden

• gut abbaubar
• abbaubar
• schwer bzw. nicht abbaubar

Zu den gut abbaubaren Stoffen gehören:

• Aliphaten (Kraftstoffe, Heizöl)
• Aromaten (Benzol und Derivate)
• Alkohole
• Aldehyde
• organische Säuren

Zu den abbaubaren Stoffen gehören:

• hochmolekulare Aliphaten (schweres Heizöl)
• polycyclische aromatische Kohlenwasserstoffe bis Ringgröße 4
• Nitroaromaten (Di-, Trinitrotoluol)
• teilchlorierte Kohlenwasserstoffe

Zu den schwer bzw. nicht abbaubaren Stoffen gehören:

• hoch chlorierte Kohlenwasserstoffe (Penta-, Hexachlorbenzol)
• polycyclische aromatische Kohlenwasserstoffe ab Ringgröße 5
• Dioxine, Furane